Con el principio del desarrollo español a mitades del siglo XX, las empresas y las industrias que han estado situadas alrededor del humedal han destruido la fauna y flora autóctona que caracterizaba al humedal abocando residuos tóxicos a éste. Las industrias han alterado el ecosistema y las infraestructuras han provocado una degradación del humedal reduciendo el hábitat de las diversas especies existentes.
Una de las principales causas que ha hecho que la Albufera este en este estado ha sido el cangrejo autóctono de América que ha destruido una gran variedad de especies, y una bacteria que trajo con éste ha impedido que las plantas puedan depurar el agua ya que la bacteria las mata acabando con una gamba típica del humedal que representaba el grado de limpieza que había. Además hay una planta llamada Azolla, exótica, que contribuye a la degradación del medio tanto como el cangrejo. Ésta se encarga de arrasar la totalidad del agua impidiendo que les llegue la luz a las plantas que hay al fondo del agua, y entonces no puede llegar la luz, no hay fotosíntesis y los peces se mueren por falta de oxígeno.
La Albufera tiene unas zonas de humedales empantanadas llamadas marjales, que poseen gran riqueza tanto en fauna como en flora y sirve de paso para las aves que emigran en primavera. Esta parte ha sido suprimida para la plantación de arrozales acabando con este lugar.
La caza la caza en el parque ayuda a la rápida extinción de muchos animales que solo viven en esta parte del mediterráneo y balas perdidas que contiene plomo van a parar a los humedales, sitio donde animales como los pájaros picotean en busca de comida tragándose las balas actuando como un veneno lento y letal que corrompe el organismo de los animales provocándoles la muerte. Las aguas también se ven afectadas, ya que esas balas provocan una intoxicación en los seres que viven ahí.
Debido a estos factores un gran número de especies como el samarugo, característicos de esta zona del mediterráneo está en peligro de extinción y pueden llegar a desaparecer.
La Fundación Amics del Parc Natural de l'Albufera junto a la Fundación Territorio y el apoyo de la obra social de Caixa Catalunya están haciendo se encargan de estudiar el estado de conservación de los ullals y de la Albufera. También se ven implicados en el estudio, profesores del Departamento de Microbiología y Ecología de la Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad de Valencia, y parte de la investigación ha servido para preparar a los alumnos y colaboradores en trabajos de limnología.
Estas fundaciones hacen especial énfasis en sus documentos a los invertebrados acuáticos, que son los bioindicadores del estado ecológico del hábitat donde viven y proponen una serie de medidas correctoras del actual estado de los ullals y su conservación en el parque natural.
Las fundaciones tienen tres objetivos paralelos; el análisis y el reconocimiento de las comunidades acuáticas presentes en los principales ullals de la Albufera; La identificación de los factores y las regularidad que determinan la presencia de especies de interés especial; Y la determinación del estado actual de conservación de estas especies y comunidades.
Después, con la información que han recopilado, se proponen medidas de corrección y conservación. Se han extraído datos y resultados del estudio limnológico, relativos a ámbitos como el físico-químico, de fitoplancton, de la vegetación acuática, de macroinvertebrados y del zooplancton. Que han ayudado a crear un índice de cualidad de los ecosistemas basados en sus comunidades acuáticas.
El estudio sentencia que actualmente el estado de los ullals se aleja bastante de lo deseable. En vista de las actuaciones que se proyectan sobre estos ambientes el estudio propone tener en cuenta aspectos como evitar la sobre explotación del acuífero que alimenta a los ullals, a las zonas con presencia de escombros que se deberían de retirar y en otros casos que se debería de hacer un flujo continuo de agua para mantener el parque limpio, con cobertura variada y adecuada con presencia de unas comunidades de organismos litorales característicos, donde halla un canal permanente y continuo que permita la salida y la entrada de las especies que busquen refugio y que este conectado con otros sistemas húmedos como el mar.
Estas fundaciones están actualmente llevando a cabo acciones para mejorar el estado de la Albufera como el proyecto Tancat de la Pipa, que consiste de un sistema natural que permite aprovechar la capacidad de depuración de los humedales para reducir sólidos suspendidos, materia orgánica y nutrientes presentes en las aguas del lago. La instalación de una nueva estación de bombeo que consiga un movimiento constante de las aguas de la Albufera por la zona recuperada, permitiendo que se den unas buenas condiciones de calidad de las aguas para el mantenimiento y mejora de la biodiversidad del lugar. El acondicionamiento de tendidos eléctricos para reducir impacto paisajístico y ambiental sobre la avifauna: Soterramiento del tendido eléctrico de media tensión, colocación de balizas salva pájaros en el tendido de alta tensión. La mejora del paisaje y restauración de los hábitats característicos de esta zona del parque Natural de la Albufera, a través de la plantación de especies vegetales palustres y de ribera, y la siembra de especies macrófitos en las márgenes de las zonas húmedas (ullal, marjales y canales).
Las personas fuera de estos grupos puedes colaborar intentado no tirar residuos en la Albufera ayudando a mejorar su condición y si van de visita (en barca) no haciendo ruido para no molestar a los animales que viven allí. Hay pocas cosas que hace, ya que, las ONG se están encargando de erradicar los problemas lo más rápido posible. http://www.youtube.com/watch?v=sG8LKPapJMY